商丘为上古帝王之都,约在公元前24世纪,燧人氏、神农氏、高辛氏、颛顼等先后在商丘建都。
帝喾之子契佐禹治水有功封于商(今商丘),为商族人的始祖。
约公元前16世纪,契的14世孙成汤,灭夏称商,都亳(今商丘)。
约公元前11世纪,周成王三年,周公平定武庚叛乱后,成王封殷商后裔微子启于商丘,称宋国。
周赫王二十九年(前286)齐、楚、魏灭宋而三分宋地,商丘属魏。
秦时,本地分属砀郡与陈郡。
西汉高祖五年(前202)改为梁国,属豫州。
三国魏文帝黄初元年(220),将梁国改为梁郡。
后赵、前燕、前秦、后燕、后秦时仍为梁郡。
南朝宋、齐为南梁郡,属南徐州。
北魏为梁郡,属南兖州。
隋开皇初梁郡废,十六年(596)置宋州,大业三年(607)复置梁郡。
唐武德四年(621)又改为宋州,天宝元年(742)置睢阳郡,属河南道,乾元元年(758)复为宋州。
五代梁三年(909)升为宣武军,五代唐庄宗同光元年(923)改为归德军,五代周时仍为宣武军。
北宋初复置宋州,景德三年(1006)升宋州为应天府,属京东西路(应天府始为京东东路路治,后为京东西路路治),大中祥符七年(1014)诏升为南京,为北宋陪都。
靖康二年(1127)五月,赵构在应天府南京(今商丘)即位,商丘为南宋开国都城。
金太宗天会八年(1130)更名为归德府,属南京路。
元为归德府,属河南布政使司。
明太祖洪武元年(1368)降府为州。嘉靖二十四年(1545)升州为府。
清沿明制,仍为归德府。
民国2年(1913)裁归德府,所属各县划归豫东道。1932年为第二行政督察区,直到1948年。
1948年11月商丘解放,为豫皖苏第一行政区,1949年3月设立朱集市,1949年3月豫皖苏第一行政区改为商丘专区,辖朱集市及商丘县、睢县、民权、宁陵、柘城、虞城、夏邑7县。1950年商丘县城关区改为商丘市,1951年8月朱集市、商丘市二市合并为商丘市,市治朱集市。1952年1月,永城县由皖北专区划归商丘专区。1967年改为商丘地区。
1997年6月,商丘地区行政公署、商丘市及商丘县合并为地级商丘市(原商丘地区行政公署和地级商丘市所在地改为梁园区、原商丘县改为睢阳区、原商丘市平台镇改为经开区,三区部分管辖范围有调动),永城县改为省直管县级永城市、商丘市代管,辖梁园区、睢阳区、经开区(省级)3区,永城1市,虞城、夏邑、柘城、宁陵、民权、睢县6县。
2011年5月,商丘新区(副厅级)正式获河南省政府批复建设,至此,商丘市辖4区1市6县(梁园区、睢阳区、商丘新区、经开区、永城市、柘城县、虞城县、夏邑县、宁陵县、民权县、睢县),商丘近郊虞城县撤县改为木兰区、虞城区撤县设区工作,民权县撤县改为民权市撤县设市工作已同时启动。